Prokariota adalah organisme yang tidak memiliki nuklei dan membran untuk menyimpan bahan-bahan genetika (berbeda sekali dengan organisme Eukariota yang memiliki nuklei dan membran pada inti selnya, sehingga bahan-bahan genetikanya terkumpul di nuklei tersebut) dan pada umumnya merupakan organisme uniselular (tapi pada beberapa kasus, ada juga organisme prokariota yang multiselular). Kebanyakan prokariota adalah bakteri. Carl Woese, seorang ahli mikrobiologi dari Amerika Serikat, membagi prokariota menjadi bakteri dan archaea (disebut juga dengan eubacteria dan archaebacteria) karena ada perbedaan besar pada susunan genetik dari keduanya. Pembagian menjadi eukariota, bakteri, dan archaea disebut juga dengan sistem tiga domain.